नेपाल सरकारका जिल्ला स्थित कार्यालयहरुलाई रकम निकासा दिने, आन्तरिक लेखापरीक्षण गरी प्रतिवेदन उपलब्ध गराउने र विनियोजन, राजश्व तथा धरौटीको एकीकृत विवरण तयार गरी महालेखा नियन्त्रक कार्यालयमा पेश गर्ने लगायतका कार्य सम्पादनका लागि आय व्यय संचालन कार्यविधि नियमावली, २०३८ बमोजिम वि.सं.२०३८ साल श्रावण १ गते देखि महालेखा नियन्त्रक कार्यालयको प्रतिनिधिको रुपमा जिल्लास्तरमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरुको स्थापना हुने क्रममा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय, काठमाण्डौ वि.स.२०३९ सालमा स्थापना भएको हो ।

चौमासिक निकासा, मासिक सोधभर्ना निकासा लगायतका पद्धतिबाट बजेट निकासाको कार्य हुँदै आएकोमा सूचना प्रविधिमा भएको विकासलाई आत्मसात गर्दै सरकारको खर्च एवं नगद व्यवस्थापनको कार्यलाई Real time मा आधारित, मितव्यायी, पारदर्शी, प्रभावकारी बनाई नेपाल सरकारको कोष प्रणालीलाई अन्तराष्ट्रियस्तरको बनाउने उद्देश्यले २०६७ श्रावण १ गते देखि इन्टरनेटमा आधारित एकल खाता कोष प्रणाली (Treasury Single Account-TSA) लागू भएपछि वि.स.२०६९ श्रावण १ गते देखि कोष तथा लेखा नियन्त्रक (समन्वय) कार्यालय काठमाण्डौं सञ्चालनमा आएको हो ।

एकल खाता कोष प्रणाली (TSA) लागू भएपछि महालेखा नियन्त्रक कार्यालय मातहत काठमाण्डौं जिल्लामा रहेका बजेट निकासा/भुक्तानी गर्ने कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरु बिच समन्वय, सुपरीवेक्षण एवं वित्तीय प्रभावकारीता अभिबृद्धिका लागि स्थापना कालमा यस कार्यालयमा कार्यालय प्रमुखको रुपमा नेपाल प्रशासन सेवा रा.प. प्रथम श्रेणी कोष व्यवस्थापकको दरबन्दी रहि आएकोमा वि.सं. २०७५।०४।०१ देखी रा.प. द्धितीय श्रेणीको प्रमुख कोष नियन्त्रक कार्यालय प्रमुख रहने गरी दरबन्दी परिवर्तन भएको छ भने कार्यालयको नाम कोष तथा लेखा नियन्त्रक (समन्वय) कार्यालयबाट कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय बबरमहल कायम भएको हो ।  

अन्य सबै कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालयहरुले सम्पादन गर्ने कार्यहरुका अतिरिक्त वित्तीय व्यवस्था तर्फको भुक्तानी/निकासाको कार्य एवं सरकारी कारोबार निर्देशिका बमोजिम वैदेशिक ऋण एवं अनुदानसँग सम्बन्धित विभिन्न आयोजनाहरुका नाममा नेपाल राष्ट्र बैंकमा खोलिने बिशेष खाता (ऋण) र विशेष खाता (अनुदान) सञ्चालनका लागि दस्तखत नमूना कार्ड प्रमाणित गर्ने  तथा सो को एकिकृत विवरण तयार गरी प्रतिवेदन गर्ने थप जिम्मेवारी यस कार्यालयलाई तोकिएको छ ।

कार्यालयले सेवा पुर्‍याउनु पर्ने कार्यालय संख्या एवं भुक्तानी निकासा हुने कारोबार रकमको आधारमा कोष तथा लेखा नियन्त्रक कार्यालय बबरमहल बढी कार्यबोझ भएको कार्यालयहरुमध्ये अग्रणी कार्यालयको रुपमा रहेको छ ।